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微生物除臭剂烃类的降解途径根据同类的化学结构特点，主要可分为两部分：脂肪烃的降解途径和芳香烃的降解途径。无论是脂肪烃降解途径还是芳香烃降解途径，均通过微生物所生成的脱氢酶或是加氧酶以实现对烃类物质降解的快速催化。如能催化正烷烃为正烷烃的氢过氧化物的正烷烃氧化酶。2.4 含氧有机物恶臭气体的去除含氧有机物恶臭气体，如醛类、酚类化合物均易溶于水，而微生物对该类恶臭气体物质的去除原理与烃类恶臭气体物质的去除原理相似，均主要通过微生物生成的相关酶的高效催化降解作用。能够降解酚类化合物的微生物有Rhizobium（根瘤菌）、Fusarium（镰刀菌）、Candida（假丝酵母）等，常见的酚类污染物主要是苯酚、双酚A、壬基酚以及五氯酚。微生物通过加氧酶或脱氢酶，催化具有还原性的酚类污染物分解成CH4、CO2等无害终产物。如：苯酚首先经苯酚羟化酶降解为邻苯二酚，其后在邻苯二酚2,3—双加氧酶或1,2—双加氧酶作用下，经环裂解，形成三羧酸循环中间物。能够降解甲醛的微生物有Pseudomonas putida（恶臭假单胞菌）、P. Aeruginosa（铜绿假单胞菌）等。催化甲醛降解的关键酶是甲醛脱氢酶，其在谷胱甘肽以及NAD＋的辅助下，把进入细胞内的甲醛氧化为甲酸，其后甲酸在甲酸脱氢酶的作用下转化为CO2，由此实现对甲醛的去除。